Selama menulis karya – karyanya Spencer untuk pertama kali mulai mengalami insomnia (tidak bisa tidur) dan dalam beberapa tahun berikutnya masalah mental dan fisiknya ini terus meningkat. Ia menderita gangguan saraf sepanjang sisa hidupnya.
Tahun 1853 Spencer menerima harta warisan yang memungkinkannya untuk berhenti bekerja dan menjalani sisa hidupnya sebagai seorang sarjana bebas. Ia tak pernah memperoleh gelar kesarjanaan universitas atau memangku jabatan akademis. Karena ia makin menutup diri, dan penyakit fisik dan mentalnya makin parah, produktivitasnya selaku sarjana makin menurun. Akhirnya Spencer mulai mencapai kemahsyuran tak hanya di Inggris tetapi juga reputasi internasional.
Salah satu watak Spencer paling menarik yang menjadi penyebab kerusakan intelektualnya adalah keengganannya membaca buku orang lain. Bila tak pernah membaca karya sarjana lain, lalu darimana gagasan dan pemahaman Spencer berasal. Menurut Spencer, ide-idenya muncul tanpa sengaja secara intiutif dari pikirannya. Ia mengatakan bahwa gagasannya mncul “sedikit demi sedikit, secara rendah hati tanpa disengaja atau tanpa upaya yang keras”. Institusi seperti itu dianggap Spencer jauh lebih efektif ketimbang upaya berfikir dan belajar tekun.
Spencer menderita karena enggan membaca secara serius karya orang lain. Sebenarnya jika ia membaca karya orang lain, itu dilakukannya hanya sekedar untuk menemukan pembenaran pendapatnya sendiri. Ia mengabaikan gagasan orang lain yang tak mengakui gagasannya. Demikianlah, Charles Darwin, pakar sejamannya berkata dengan tentang Spencer, “Jika ia mati melatih dirinya untuk mengamati lebih banyak, dengan resiko kehilangan sebagian dari kekuatan berpikirnya sekalipun, tetulah ia menjadi seorang manusiayang sangat hebat”. Pengabaian Spencer terhadap aturan ilmu pengetahuan menyebabkan ia membuat serentetan gagasan kasar dan pernyataan yang belum dibuktikan kebenarannya mengenai evolusi kehidupan manusia. Karena itulah sosiolog abad 20 menolak gagasan Spencer dan riset empiris yang tekun. Spencer meninggal 8 Desember 1903